Footballeur français de 25 ans, Stéphane Ruffier évolue au poste de gardien de but. C'est au sein du club de foot de sa ville natale, Aviron bayonnais, qu'il enfile pour la première fois ses gants.

Ruffier signe son premier contrat de formation à l'AS Monaco lors de la saison 2002 et intègre le groupe senior en 2004. Il commence deux ans plus tard sa carrière professionnelle mais en équipe réserve. Après un prêt à Bayonne en national lors de la saison 2005 - 2006, il revient sur le Rocher la saison suivante et commencera progressivement à s'imposer, au point de devenir le titulaire du poste de gardien de but lors de la saison 2008 – 2009. En 2010, il enchaîne des matches sans concéder le moindre but et joue la meilleure partie de sa carrière le 20 Janvier 2010 lors d'une rencontre face au PSG. Stéphane Ruffier fut désigné meilleur joueur de la journée par francefootball.fr et fut nommé par Guy Lacombe, capitaine de l'AS Monaco à l'aube de la saison 2010-2011.

Après la descente de l'ASM en ligue 2, il signe un contrat de 4 ans en faveur de l'AS Saint-Etienne est reste ainsi en ligue 1.  Christophe Galtier, l'entraineur stéphanois,  annonce le lendemain de sa signature que Stéphane Ruffier sera le gardien titulaire pour la saison à venir.

En dehors de son évolution dans le club de Ligue 1, Stéphane Ruffier est le fils du Champion de pelote basque, Jean-François Ruffier et de Patricia Ruffier. Il a deux soeurs dont Sabrina et Sandra, une ancienne patineuse artistique.